Il 1º dicembre 1617, il consiglio comunale di Montedinove approvava la costruzione di un convento di Frati Minori al posto di quella duecentesca.L'offerta fu discussa e approvata nel maggio 1618 a San Severino, dove i riformati tenevano un loro capitolo custodiale. Padre Carlo da Montedinove OFM Rif., al servizio allora del cardinal Alessandro Peretti ,pronipote di Papa Sisto V ,che aveva in commenda il monastero, convinse l'abate alla cessione dello ius sulla chiesa . Papa Paolo V confermò con bolla del 1º novembre 1619, inviando la prima pietra da lui benedetta, come ricorda ancora la lapide, sulla facciata. E si poté iniziare la realizzazione del santuario con la posa della prima pietra, il 26 maggio 1620. I frati vi presero stabile dimora nel 1629, anche se il convento venne terminato solo nel 1643, e fu consacrata il 3 giugno. Con la soppressi tutti gli Ordini religiosi da parte di Napoleone Bonaparte, chiesa e convento e orti furono posti all'incanto e acquistati da un certo Eustorgio Celi. Ma con la caduta del Regno italico, il Celi finisce in carcere, forse per i moti carbonari della Marca del 1817. In cambio della grazia, offrì di restituire la chiesa e convento; il che avvenne il 14 marzo 1821. il santuario venne nuovamente soppresso nel 1866, l'unificazione delle Marche allo Stato Sabaudo. Ma un sacerdote e un fratello religioso poterono restare in alcune stanze fin oltre al 1894. La proprietà era passata dal demanio al comune, e nel 1898 dal comune al vescovo di Montalto Mons. Luigi Bonetti , che nel 1909 invitò i Frati Minori Conventuali del vicino convento di Montalto a prenderne cura e possesso. L'annesso convento fu sede di noviziato dal 1936 al 1943, poi di un seminario minore dall'ottobre del '44 al giugno del '71 ed è presentemente utilizzato per iniziative turistiche e pastorali.Nel santuario di San Tommaso Becket si conservano all'interno reliquie del martire e sull'altare maggiore vi è una pala dedicata all'Immacolata e ai santi Tommaso e Francesco. Fin dalla sua fondazione (1620-1646), il santuario riceve pellegrini dalle zone limitrofe: dal fermano, dall'ascolano, da una parte dell'Abruzzo e in questi ultimi tempi anche dalla Romagna, zona di emigrazione di comunità marchiggiana. II giorni festivi dedicati al santo sono due: la prima domenica di giugno e il 29 dicembre; la prima data a ricordo della consacrazione della nuova chiesa (domenica 3 giugno 1646) e la seconda a ricordo del martirio del santo, avvenuto nella cattedrale di Canterbury il 29 dicembre 1170.
